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Nel 2067 il Giappone decide di abbandonare l'ONU e chiudersi in un nuovo isolamento, il tutto perché non intenzionato a rispettare una risoluzione delle Nazioni Unite che pone un freno alle sperimentazioni sugli androidi, settore in cui il paese è all'avanguardia.
Dieci anni dopo una cortina di mistero avvolge l'arcipelago, che grazie a sofisticate tecnologie impedisce a qualunque tipo di informazione di filtrare all'esterno: questo preoccupa sempre più le altre nazioni, perché dai pochi contatti commerciale che il Giappone ha mantenuto si intuisce come il paese abbia raggiunto progressi tali nel campo della robotica da rappresentare una potenziale minaccia per la stabilità del mondo.
Per questa ragione l'organizzazione militare SWORD decide di aggirare l'isolamento ed infiltrare degli agenti in Giappone, in modo da fare finalmente chiarezza: la missione tuttavia si complica fin da subito. La squadra viene infatti intercettata e l'unica sopravvissuta sembra essere la giovane Vexille Serra, che si trova da sola a cercare di sopravvivere in un paese ostile e profondamente mutato...